Die Gliederung der schwimmenden Einheiten der 1. Flottille sah folgendermaßen aus:
1. Landungsschiffbrigade
Setzte sich aus der 1. und 3. Landungsschiffabteilung zusammen. Die Landungsschiffe der Abteilungen waren für den Einsatz mit den dafür ausgebildeten Soldaten der Landstreitkräfte des MSR 28 vorgesehen.
1. Sicherungsbrigade
Wurde 1961 in „Sicherungsbrigade“ umbenannt. Sie bestand aus Minensuch- und U-Boot-Abwehreinheiten, die in vier Abteilungen gegliedert waren. Das waren die 1. und 3. U-Bootabwehrschiffabteilung sowie die 1. und 3. Minensuch- und Räumschiffabteilung.
1. Sicherstellungsschiffsabteilung
Bestand aus Schleppern, verschiedenen Versorgungsschiffen und einem Flugsicherungsschiff, der Hugo Eckener. Ursprünglich als „1. HSBDA“ (1. Hilfsschiffs- und Bergungsdienstabteilung). Später wurde sie zur „1. SSA“.
1. Seehydrographischer Dienst
Bestand aus Tonnenlegern und Schiffen zur Seezeichenkontrolle für den Seehydrographischen Dienst der DDR.